Po niszczycielskim ataku Kaijuu nr 10 baza w Tachikawie została zdewastowana, a Japonia stoi u progu nowego kryzysu. Kiedy los Kafki Hibino pozostaje niepewny, członkowie 3. oddziału zostają przeniesieni, a Kikoru trafia do elitarnej 1. jednostki pod dowództwem Narumiego.